由于傳統的地面回風形式，會增加落菌面積和潔凈的死角，同時，由于地面開孔會給土建增加大量工作，因此，為了即達到潔凈的最佳效果，又減少施工中的無謂工作，凈化車間設計中采用了在潔凈室內與走廊相鄰的隔墻及門上兩側的下部安裝雙層百頁風口， 通過室內、外空氣的壓差，將室內的空氣排入走廊， 再由走廊上部的雙層百頁風口統一由回風管道送回至空調機房。

回風系統也根據潔凈要求采用了三個回風系統： 一層大輸液車間為萬級潔凈區，采用一個回風系統；二層西藥部分和藥檢部分為萬級潔凈區，采用一個回風系統； 二層中藥車間為十萬級潔凈區，采用一個回風系統。

通過送風系統和回風系統的分區設置，滿足了凈化車間內不同潔凈分區內空氣的不同潔凈度要求，也杜絕了各個潔凈區內空氣的混合，避免潔凈車間內不同分區內空氣可能產生的交叉污染，同時滿足了工藝要求中區分人流和物流路徑中的空調氣流組織的要求。